ในปี 1999 อุกกาบาตตกสู่โลก โดยสถานที่ที่อุกกาบาตตกลงมา คือ เมืองชิบูย่า มหานครโตเกียว สิ่งที่มาพร้อมกับอุกกาบาตนั่นคือ มนุษย์ต่างดาว องค์กร ZECT ได้เรียกขานสิ่งเหล่านั้นว่า “ เวิร์ม ”
เวิร์มมีความสามารถที่น่าสะพรึงกลัวและมิอาจคาดเดาได้ พวกเวิร์มมีจุดมุ่งหมายที่จะเข้ามาอยู่แทนที่มนุษย์บนโลกให้หมด พวกมันจึงทำการลอกแบบมนุษย์ที่มันพบ และสังหารต้นแบบทิ้ง และทำการสวมรอยเป็นคนๆนั้นต่อไป
เมื่อองค์กร ZECT ล่วงรู้ความเคลื่อนไหวของเวิร์ม จึงคิดค้นระบบต่อต้านเวิร์ม ที่เรียกว่า “มาสค์ไรเดอร์ ซิสเต็ม” ขึ้นมา เพื่อที่ต่อกรและไล่ล่าเวิร์ม
ในขณะเดียวกัน คากามิ อาราตะ ชายหนุ่มผู้เรียบง่าย ได้พบเจอกับ เท็นโด โซจิ ชายหนุ่มปริศนาผู้มาพร้อมกับคาบูโตะ เซ็กเตอร์ การปรากฏตัวขึ้นท่ามกลางการต่อสู้ของ ZECT และ เวิร์ม ของเท็นโด และการก้าวย่างสู่การต่อสู้ของคากามิ ทำให้ทั้ง2 ได้พบกับปริศนาอันสุดจะหยั่งถึง ของเวิร์ม และ เบื้องหลังอันเป็นปริศนาของ ZECT ทำให้ทั้ง 2 ต้องต่อสู้เพื่อความถูกต้องและนำโลกสู่สันติสุขอีกครั้ง ก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินแก้
